アスラ神軍との戦いの末、世に平和を取り戻したシュラトたち八部衆。しかし、人間界で探知された謎の光流を調べるため、彼らは天空界を離れて人間界で生活していた。シュラトもまた久々にかつて暮らした街へと戻ったが、彼とガイの人間としての痕跡は世界から消え去り、家族もシュラトのことを忘れていた。しかし、ガイの姉・美奈だけがなぜか弟の存在を覚えており、その影にはスクリミールと名乗る青年の姿があった。

人間界で謎の光流の正体を探る八部衆であったが、突如クウヤが姿を消し、続いてダンまでもがレンゲの目の前で忽然と消えた。仲間たちが事件の真相を追う中、シュラトの中からガイの魂までもが消え去り、一人悲観に暮れる彼の元に美奈が訪れる。彼女はなぜか天空界でガイの辿った運命を知っており、シュラトを激しく責め立てるのだった。

手分けをして謎の光流を追う八部衆に、数々の危機が襲い掛かる。そんな中、美奈から呼び出され黒木家に向かったシュラトであったが、そこには魂の抜けたようなガイの姿があった。突然のガイの帰還にわけもわからないまま、それでも久々の親友の姿に感極まるシュラト。しかしそこにスクリミールが現れ、ガイを連れ去ろうとする。

人間を相手に反撃もままならず、逃げることしか出来ないヒュウガとリョウマ。自分と同じ姿で同じ技を使う敵に、決定打を打てないレンゲ。そして不気味な謎の子供たちに襲われるレイガ……。スクリミールに仲間の危機を見せつけられたシュラトは、意識を取り戻したガイに促され、罠と察しつつもヒュウガたちの元へと急ぐのだが……。

危険を覚悟で人間界に分身を送ったラクシュから、シュラトはスクリミールの正体がもう一人の調和神であると知らされる。スクリミールの目的は新たな宇宙の創造であり、そのためには創造神が必要なためシュラトからガイを分離したのだという。しかし、シュラトとガイは二人合わせて創造神の後継者であり、それを引き離したスクリミールの狙いとは……？

八部衆は石化され、新たなる創造神誕生のための装置“無明陣”に取り込まれた。仲間たちを救うため、スクリミールと対峙するシュラトの前に現れた美奈は何を思うのか。全宇宙の命運を掛けた戦いの中で明かされる真実とは……!?