長年暮してきた大麟館を出て、一人暮らしをする決意をしたオーリ。彼はクラスメイトの墨鳥や牛島に引っ越しの手伝いをして欲しいと頼んでいた。そんな時彼は、幼なじみの犬彦から、何人もの女性を殺害した凶悪犯が学校の近くをうろついているという話を聞く。放課後オーリは、引っ越しの荷物をリアカーに積んで運んでいた。その途中で彼は、近くの雑木林に人型の何かが落下するのを目撃する。慌てて向かうと、そこには一年前に世空寺で見た少女が倒れていた。

幼い頃に光言宗の僧侶・田神景世に拾われ、児童福祉施設・大麟館で育てられた少年・花神旺里（オーリ）。彼はある夜、景世が住職を務める世空寺で、美しい少女に出会う。少女の身体は冷たく、生きている人のそれとは違う。少女の名は星村眞姫那（マキナ）。彼女は、景世の下で屍狩りをしている屍姫だった…。(C)赤人義一／スクウェアエニックス・屍姫製作委員会

マキナの名が星村眞姫那であることや「屍姫」であることなどを知ったオーリ。そんなマキナに興味を持った彼は、学校の図書館で一家全滅した星村家の火事について調べようとする。その途中オーリは、景世がよく怪我をして帰ってくるようになった時期と、星村家が火事になった時期がほぼ同じであることに気づき…。

イツキはマキナと同じ屍姫で、嵩柾はその契約僧だった。二人は、光言宗を裏切り屍を生み出している背信僧の鹿堂赤紗を追い詰め、彼の目的を聞き出そうとする。その戦いの場に居合わせたオーリは、イツキたちから戦いの邪魔だと追い払われてしまう。無力感にうちひしがれながら、その場を立ち去ったオーリだが…。