「影の世界」――それは絶えず世界を侵食し、すべてを黒い霧で覆いつくそうとする異次元空間。世界を救う方法はただ一つ、侵食が進む前に、「影の世界」を「攻略」すること。人類は幾度もその脅威を乗り越えてきたが、10年前に発生した最悪の災害「影の迷宮」はあまりにも強大で、世界は滅亡へと向かっていた。多くの命が奪われ、極限の絶望のなか、デジール・アルマンは生き残った5人の仲間たちとともに、最後のボスである破滅竜「ボロミア・ナポール」に挑戦するが――

「影の迷宮」最後のボス・ナポールとの戦いに敗れ、すべてが終わったと思った瞬間、デジールは、13年前の魔法学院「へブリオン学園」入学式に戻っていた！ 入学試験で、かつての仲間であるロマンティカ・エルやアゼスト・キングスクラウンに再会し、思わず声をかけてしまったデジール。しかし、彼女たちに過去の記憶は無かった。二度とあんな絶望は繰り返さない、悲しい過去はこの手で変えてみせる――デジールは決意を固め、仲間と世界を救うため、行動を開始する。

アゼストをはじめ貴族の学生たちを制し、入学試験をグループ1位で突破したデジール。しかし、平民であるという理由だけで、下位のベータクラスに入ることに。貴族はアルファ、平民はベータと、身分だけでクラス分けされるのが、この世界の常識なのだ。このままではこれから起きる「影の世界」に対抗できず、悲劇を繰り返してしまう！ 来るべき戦いに備え仲間を鍛えるために、より良い環境で教育を受けられるよう、デジールは貴族と平民の壁に立ち向かう。

新たに剣士のプラム・シュナイザーをスカウトし、ロマンティカと3人でパーティを組んだデジール。当面の目標として3人揃ってランキング戦を勝ち上がることを目指す。この戦いで上位9人に残れば、「シングルランカー」の称号を手にし、ベータからアルファへの昇級が叶うのだ。荒れ放題だったベータ用トレーニングセンターを掃除し、環境を整える3人。かつての記憶を頼りに2人の真の実力を引き出そうと、デジールはさっそく特訓を開始するが――

帰還前の世界で細剣を使っていたプラムが、なぜ身の丈にそぐわない大剣を使っているのか？ デジールがこの疑問を問うと、プラムは重い口を開いた。顔も知らない父がプラムと母に唯一残してくれた細剣。プラムは、剣の道を進めばいつか父に辿り着くと信じて、幼いころから剣術に励んだ。しかしある時、父からもらった細剣に「剣としての価値はない」と鑑定されてしまう。自暴自棄になっていたプラムは、その細剣を骨董屋に売り払ってしまっていた。細剣で戦うプラムの強さを知るデジールは、彼を説得して一緒に骨董屋に向かうが――

ランキング戦予選を順調に突破した、デジール・ロマンティカ・プラム。ベータクラスの躍進は新聞に載るほど話題になった。平民初のアルファ昇級が噂され、3人の活躍を快く思わないパグマン教授は怒り心頭。アルファの学生たちに、彼らを必ず脱落させるよう命じた。さらに、へブリオン学園で最も格式高いパーティ「ブルームーン」の魔剣士アゼスト・キングスクラウンは、入学試験で負けたデジールへの闘志を静かに燃やしていて――