地球暦2010年、5年前のユニクロン戦争でサイバトロンがデストロンを破り、銀河系に平和が訪れる。アセニア星では、サイバトロンのニューリーダー、 ロディマス・コンボイを組織委員長に、第一回銀河オリンピックが開催される。しかし、競技の途中、スタジアムは黒煙に包まれ、見えない敵との銃撃戦となる。ロディマスの参謀役、ウルトラマグナスとチャー、スパイクの3人の姿が消える。 [ロボット/メカ]

惑星ジャールで、デストロン達の攻撃に倒れたロディマスとグリムロックはスプラングとアーシーに救われた。しかし重体のロディマスは一度意識を失い、その魂はマトリクスの中を旅し、代々のサイバトロンリーダーの記憶に断片的に触れた後、息を吹き返す。その記憶の中からクインテッサ人の存在を知ったロディマスは、スプラングらと共にクインテッサ星に急行する、、、。

クインテッサ星の大爆発で宇宙船を破壊されたロディマス達は宇宙を漂流し、宇宙のゴミ捨場ゴーに漂着した。そこはネバネバした泥土におおわれ、巨大なゴミ処理車がスクラップを吸い集めていた。その頃、ガルバトロンは太陽系にワープし、地球防衛軍の宇宙ステーションを破壊、通りかかったブラー達のシャトルをも破壊していく。

トランスフォーム・コグを運搬中のブラーと ウィーリーは、木星の衛星イオで火山怪獣に襲われる。救出に向かった地球防衛軍のメリッサ大尉共々、宇宙船を破壊され脱出不可能となる。ゴミ惑星ゴーでデストロンの襲撃を受けたロディマス達は、レックガーによって危うい所を救出される。クインテッサ星人の正体をつかもうとロディマスは再びマトリクスの中を旅し、ある秘密を突き止めるが、、、。

セイバートロン星ではガルバトロン率いる強襲部隊がロディマス達を圧倒し、地球ではダイナザウラーが旧サイバトロン火山基地を破壊、スクランブルシティに迫っていた。一方、クインテッサはサイバトロン・デストロン双方を同時に滅ぼすため、シャークトロンを密かにセイバートロン星の内部深くに進入させて凍結装置のスイッチを入れさせる。サイバトロン、デストロンを凍らせようとするのだ。

メトロフレックスに敗れた、ダイナザウラーは生きていた。秘かにオクトーンと2人、アフリカの独裁国家カーボンビアで、ファカデイ元首のもと、石油からスーパーエネルゴンを製造し、着々とパワーを貯めこんでいた。やがて、ファカデイを喜ばすため、アメリカのフォトノックスの金、インドのタジマハール、フランスのエッフェル塔等を、 ダイナザウラーは次々と盗んで行くのだが。