南極大陸の一角に突如出現した巨大な霧状の柱。それは、未知の異星体ジャムが地球侵略用に造った超空間通路だった。地球防衛機構は、その通路の向こう側、惑星フェアリイでジャムをくい止めるべくフェアリイ空軍を設立、ジャムを惑星フェアリイ上に閉じこめた。しかし、それから30年以上たった現在も、人類とジャムの戦争は続いている。その戦いの最前線に、深井零というパイロットがいた。信じるものは愛機のみという虚無的なパイロットと、スーパー戦闘機「雪風」の存在が、膠着状態だった戦線に微妙な波紋を投げかける。この戦いに本当に必要なのは機械か、人間か？ かつて人類が体験したことのない熾烈な戦いが、今始まろうとしていた。