港町の小さな旅館・ベンボー亭の息子ジム（兎）は、急死した客の荷物から1枚の地図を見つけた。地主のトリローニ（豚）は、それが大海賊フリントの残した宝の地図であると見抜く。彼は、医者兼地方判事のリプジー（鹿）や船長（熊）とともに、宝探しの航海に出発した。乗員の1人として旅に加わったジムは、片足のコック・シルバー（狼）とすぐに親しくなった。だが、美しい貝を自分の宝だと言ってジムに与える彼の正体こそ、船員たちを配下に治める恐ろしい海賊の首領であった。宝島に到着した一行に、本性を現した海賊たちが襲いかかる。リプジーたちの立てこもった山小屋は砲撃にさらされ、激戦のなか地図はシルバーの手に渡ってしまった。そして、ジムの身にも危険が迫る。果たしてフリントの宝の隠し場所はどこに？ 宝の正体とは一体何なのか!?