徳川三代将軍家光が身罷り、四代将軍に5歳の家綱が就く。将軍補佐役に保科が任命されるも、江戸城内は早くも権力争いが始まる。そして事件は起こる。同夜に筆頭老中堀田正盛と保科が忍びに襲われる。事に備える保科は撃退するも、堀田は討たれ、首が半蔵門に晒される。

お甲が雉子の湯への潜入に成功した頃、甲賀者が伊賀者の手によって消されていく。公儀お庭番に納まる甲賀組に我慢が出来ず、江戸に上がった伊賀者の下柘植の大猿の仕業であった。半造は他の伊賀者に累が及ぶのを恐れ、大猿を訪ねる。だが、大猿の野望はとまらぬものだった…。

幕府は烏山藩へ一揆収拾の不手際によりお家断絶ならびに領地没収の理不尽な断を下す。老中酒井は、その処断を真田藩に命じる。だが、烏山藩士は城に立て籠もる。そのため、その処断を断行するための浪人が江戸で募られる。その浪人の一団には、何故か半蔵が加わっていた…。

京の都で公家が暗殺される。さらに京に暮らす伊賀者庄助が半蔵の許へと馳せ参じ、この一件を目撃した父が殺されたことを知らせる。そんな中、保科が半蔵にとある相談を持ち掛ける。幕府に心を寄せる公家がさらに二人暗殺されたと。半蔵は庄助の父の一件もあり、京へと向かう。

くノ一であるお夕が江戸を訪れる。そんな折、半蔵はまた保科から相談を受ける。甲賀者が命と引き換えに徳島藩の謀叛を知らせてきたと。その内容は、新式銃をはじめとする大量の武器弾薬を外国から調達しているとのことだった。半蔵はそれを灰燼に帰すため、お夕を加えた仲間と阿波へ発つ。

伊賀の隠れ忍びが、長崎で阿片の密売により謀叛のための軍資金を貯えているとの情報が、鬼三太の部下不知火よりもたらされる。保科に仕える生駒は、半蔵を呼び、鬼三太と共に事の真偽を問う。仲間を信じる半蔵は、長崎へと赴き、奉行所の通事である坂井孫市と出会う。