出会いは高校1年の秋。他人に無関心な優等生の水無瀬仁（本島純政）は、偶然、破天荒な学年の問題児・蛭川晴喜（上村謙信）が校舎裏で教師の首を絞めている瞬間を目撃してしまう。あんなヤツとは関わりたくない、そう思っていた…。 2年に進級した水無瀬は蛭川と同じクラスになるが、気の合う友人の柴（今井悠貴）や根本（宮地樹）と一緒に過ごし、蛭川とは関わらないようにしていた。 しかしある日、塾の帰りに道端で男性の怒鳴り声を聞いた水無瀬が恐る恐る近づくと、そこには父親に殴られて倒れこむ蛭川の姿が。「誰にも言うなよ」――思いがけず秘密を知ってしまい勉強が手につかない水無瀬は、これまでどおり距離を置こうとするが、反対に蛭川は学校でも水無瀬との距離を詰めてくる。。 秘密を共有した2人の、決して交わることのないはずだった世界が動き出した――。

蛭川（上村謙信）の秘密を知ってしまった水無瀬（本島純政）は、柴（今井悠貴）や根本（宮地樹）たちと勉強していても蛭川の話題になるとつい反応してしまうように。柴に「蛭川には近づかない方がいい」と忠告され、海外出張から帰国した母・沙貴（加藤貴子）に「付き合う友達は選びなさい」と言われるも、脳裏には蛭川が浮かんでしまう。 ある放課後、すれ違った蛭川を無視しようとした水無瀬だったが、蛭川の方から声をかけられて一緒に帰ることになる。意外にも映画が好きだという蛭川は、水無瀬がふと口にした『水の音』という映画のタイトルに驚き、初めて水無瀬を自宅に招く。なんと蛭川も大好きだというその作品の監督は、水無瀬の父だったのだ。蛭川の部屋で『水の音』を一緒に観ていたところに、蛭川の父・正彦（オクイシュージ）が怒鳴りながら帰ってきて―――。

傷だらけで行き場が無いという蛭川（上村謙信）を堪らず家に呼んだ水無瀬（本島純政）だったが、蛭川から突然キスをされ動揺を隠せず、その後も受験勉強に身が入らないでいた。一方、学校で会っても何も気にしていない様子の蛭川は、あの日以来、塾帰りの水無瀬を待ち伏せして家に頻繁に来るようになり、水無瀬は部屋で勉強し、蛭川はリビングで映画を観るという不思議な関係が続いていた。 ある日、水無瀬の元に映画監督の父・義人（結城貴士）から珍しく新作の試写会の誘いの電話が来る。友人を誘ってもいいと言われた水無瀬は、父の大ファンだという蛭川の顔が浮かぶが―――。

「もうキスなんてしないから」雨の中、殴られて傷だらけの姿で水無瀬の家の下に佇む蛭川（上村謙信）を見かねて、仕方なく自宅に迎え入れた水無瀬（本島純政）は、蛭川が好きな映画監督である父・義人（結城貴史）の試写会に蛭川を“友達”として誘う。 後日、宿泊学習で同じ班になった水無瀬と蛭川だったが、当日風邪を引いた水無瀬は部屋で一人休むことに。アイスを持って見舞いに駆けつけた蛭川は、熱を出した水無瀬に「人にうつすと治るらしい」とキスをする。動揺したものの、そばに誰かがいてくれることに心地よさを感じた水無瀬は眠りにつく。 無事に体調も戻り、宿泊学習から帰宅した水無瀬は、リビングに「帰ったら電話ください。大事な話があります」という母・沙紀（加藤貴子）からの書置きを見つけて―――。

親が離婚し、留学するという話が突如浮上した水無瀬（本島純政）。一方、蛭川（上村謙信）は、父・正彦（オクイシュージ）に殴られる日々が続いていたが、自分が水無瀬に抱いている感情が“好き”だということに少しずつ気付き始めていた。 そんな中、蛭川の憧れである水無瀬の父・義人（結城貴史）の新作映画の試写会に参加した二人。同性愛者を描いたその作品を観た帰り道に、水無瀬は自分たちの関係もそうなのかと初めて口にする。それを聞いた蛭川は、はぐらかしながらも今の満たされた関係を嚙みしめていた。 その頃、蛭川のもとに、離れて暮らす母・晴華（西原亜希）から一本の電話がかかってくる。

蛭川（上村謙信）は水無瀬（本島純政）を連れて、母・晴華（西原亜希）と異父妹のひなたが暮らす家を訪れる。ピクニックで母親との和やかな時間を過ごした後、水無瀬と二人になった蛭川は、自分も父・正彦（オクイシュージ）のように暴力をふるう人間になることを恐れていると話す。それを聞いた水無瀬は「俺が見張る」と抱きしめ、二人は初めて一夜を共に過ごすことに。翌日、帰る途中で立ち寄った海辺で蛭川は「俺、殴られっぱなし、やめる」と父に向き合う決心を語り、水無瀬も蛭川の支えになることを同時に決意するのだった。 ある日、買い物の帰り道に蛭川と電話をしながら歩いていた水無瀬は、真島（堀家一希）の万引きを偶然目撃してしまう。慌てて蛭川にその事実を伝えるが、蛭川からの連絡はそれ以降途絶えてしまうのだった。