C.E.73。オーブ代表のカガリは、プラント最高評議会議長デュランダルとの極秘会談のため、アスランとアーモリーワンを訪れる。その時、突如謎のグループが新型MS「ガンダム」を強奪する。MSザクウォーリアに乗り込んだものの窮地に立たされたアスランを助けたのは、シンの搭乗するインパルスガンダムだった。

発進したミネルバ内に収容されたアスランとカガリ。デュランダルは2人にミネルバ内を案内する。その想像以上の戦力に憤るカガリ。「我々は誓った筈だ！もう悲劇は繰り返さない、互いに手を取って歩む道を選ぶと！」その言葉に過剰に反応し、怒りをぶつけるシン。その時、ミネルバは再びガーティ・ルーを捕捉する。

ガーティ・ルーを追い、デブリ帯に突入したシン達。しかし、ミネルバとシン達はネオの策略に嵌って戦力を分断されてしまう。アスランの助言で何とかガーティ・ルーにダメージを与えたものの、余力のないミネルバは追撃を諦める。その頃別の宙域では、安定軌道にあったユニウスセブンが、地球に向けて降下し始めていた。

激闘を切り抜けたミネルバに、ユニウスセブン落下の急報が入る。事態を重く見て、イザークを隊長とした破砕部隊を急行させるプラント。しかし、イザーク隊がユニウスセブンの破壊作業を開始した時、謎のジンの一団が工作隊を急襲する。一方、地球ではジブリールを新盟主としたブルーコスモスが再び動き出そうとしていた。

アスランとイザークの活躍により、工作隊はユニウスセブン分割に成功する。だがそこにテロリストが攻撃を仕掛けた。彼等は戦争で家族を失い、パトリック・ザラの思想を拠としてきた者達だった。己と同じ境遇の人間に攻撃されたシンと、亡き父を肯定する人間に出会ったアスランは、衝撃と動揺の中大気圏に落下していく。