女子高生アマテは、偶然運び屋の少女ニャアンと知り合い、非合法なジャンク屋と関わってしまう。そんな時、軍警のザクが領空侵犯の赤いガンダムとコロニー内で戦闘を始める。巻き込まれたアマテはジークアクスを駆るのだった。

ジオン公国軍のエースパイロットであるシャアは、地球連邦軍の《V作戦》の要である最新鋭モビルスーツ《ガンダム》をサイド7で鹵獲。その時から戦局は大きく動き、一年戦争をジオンの勝利へと導いた。しかし、その終戦直前、ガンダムとシャアは……。

アマテは、赤いガンダムを操縦していた少年、シュウジと出会う。彼と体験した光る宇宙の感覚が忘れられず、マヴを組んで二人でクランバトルに出場することを提案する。そしてアマテは、エントリーネームを《マチュ》とする 。

ジャンク屋を訪ねてきたおっとりした女性シイコ・スガイは、魔女の異名を持つ撃墜王だった。因縁の敵である赤いガンダムと決着をつけるためクランバトルにエントリーする魔女の恐るべき執念に、マチュは圧倒される。