西暦2002年、人類に残された最後の資源、海底鉱脈の開発を目指して日米共同で建設された太平洋海底横断鉄道マリン・エクスプレス。これを密輸に利用しようと企む一味のため、探偵ヒゲオヤジと医師ブラック・ジャックたち乗客は殺人事件に巻き込まれる。一方、鉄道の設計者ナーゼンコップ博士は自然を破壊するこの鉄道を爆破しようと計画していた。それぞれの思惑が交錯して、あわや大惨事という瞬間、列車は途方もない時間の旅へと連れていかれる…！