太平洋で目撃される不思議な光の調査に向ったタツノコ博士は、海底で音楽を発する巨大な真珠貝を発見する。研究の結果、貝の中の大真珠は宇宙人の脱力カプセルと判明。 そして、カプセルの中から一人の少年が現れた。
タツノコ博士と暮らす事になった宇宙人の少年、エース。そんな、ある日、宇宙から全身が光り輝くロボットが地球に飛来した。それはかつてエースの友達だったが、宇宙に捨てられて復讐に燃えるロボット・イボであった。
街に繰り出したエースは、列車を止めたり、動物園の動物達を逃がしたりとわんぱく三昧。怒った街の住人達により、ついにエースはロケットで宇宙へと追放されてしまった。だがその頃、宇宙では凶暴な宇宙クラゲが暴れていた。
南の島へとやって来たエース達。道に迷ったアサリちゃんとヤドカリ記者が、埋蔵予定のタイムカプセルに閉じ込められてしまった。カプセルごと地下に埋められた2人が到着したのは、地底人達の住む地底王国であった。
地球侵略をたくらむ宇宙人が、タイムマシンを使って13世紀のモンゴルから英雄、ジンギス・カンを呼び出した。元の時代に戻してもらうことを条件に、ジンギス・カンは宇宙人の手先として世界中で大暴れを始める。
アサリちゃんが謎の怪飛行機にさらわれた！後を追ったエースは、犯人のマグネ博士にそそのかされて、怪力ロボット・チャンピオンマシンとの力比べをする事になる。だが、その裏には、マグネ博士の企みがあったのだった。
