１９８３年,台風の夜。少年は無実を訴えながら警官隊から逃亡していた。しかし,突如として発生した不思議な空間に飲み込まれ,５０年後の未来へとタイムスリップする。空間を出た少年は,クロードと名乗る警官に逮捕された。その上,少年は自分の記憶を失っていたのだ！！その少年を狙う,もう一つの組織があった。その名は犯罪帝国ネクライム。彼らは少年を捕獲しようと警察署を襲撃。手錠でつながれたままの少年とクロードは,教会へ逃げ込み,そこでシスターのソフィアと出会った。手錠を外す外さないでもめる三人の元へ,ネクライムの追手が迫る。
少年は,機動メカ分署の権藤警部にウラシマ・リュウと名付けられた。自分が何者か判らない心の傷を背負ったまま,ネクライムに金庫破りの手伝いをさせられるリュウ。それを制止しようとするソフィアをネクライマーたちが取り囲んだ。しかしリュウとクロードの活躍によって,ソフィアは救出され,ネクライムの陰謀も阻止された。この事件をきっかけに三人は,機動メカ分署への配属を受ける事になった・・・。
リュウは自分の過去を知るため,パーソナル・ヒストリー・データーバンクへ出向いた。だが,先回りしていたステンガー部隊にデータを奪われてしまい,その上,偵察に出掛けたクロードが捕らえられてしまった。竜はワーゲンを改造したマグナビートルで出動,権藤警部から指示されて装着したバトルプロテクターで,クロードの救出に成功する。しかし,データはリュウの目の前で炎に包まれてしまった。
ホセキ医学研究所からカプセルを盗んだミレーヌをリュウが追っていた。追跡の末,ミレーヌを捕らえたリュウだったが,ホセキを宝石と勘違いして,カプセルではなくダイヤをミレーヌから取り上げてしまう。事実を知ったリュウはクロードたちの強力を得て,再びミレーヌを追う。ミレーヌのカプセルは,通りがかりの車荷のカプセルと混ざり合ってしまうが,ソフィアの機転により,どうにか回収に成功するのだった。
メカ分署に苦しめられているルードビッヒは,クロードを標的にして,美人キャティを送り込んだ。彼女に一目ボレしたクロードは,彼女の通うディスコに向かうが,キャティの正体はスティンガーキャットだった。戦いの最中,超能力を発揮（実はミャーが配線を切ったためだったのだが）してピンチを切り抜けた。リュウが超能力者だと誤解したネクライムは,計画を断念し,撤退した。
美女を狙う巨大ザメが出現！さらに海底牧場まで破壊されている。早速,調査に乗り出すリュウたちは,ソフィアをおとりにしてサメを捕獲しようとするが,逆に捕われてしまった。サメに捕まったソフィアを追ったリュウたちは,サメ型の母艦を発見,エンジン部の破壊と捕われていた美女たちの救出に成功する。事件の首謀者であるステンガーシャークは,リュウたちが美女に気をとられている隙に無事脱出した・・・・。
