1983年、台風の夜。少年は無実を訴えながら警官隊から逃亡していた。しかし、突如として発生した不思議な空間に飲み込まれ、50年後の未来へとタイムスリップする。空間を出た少年は、クロードと名乗る警官に逮捕された。その上、少年は自分の記憶を失っていたのだ! そして、その少年を狙う、もう一つの組織があった。

少年は、機動メカ分署の権藤警部にウラシマ･リュウと名付けられた。自分が何者か判らない心の傷を背負ったまま、ネクライムに金庫破りの手伝いをさせられるリュウ。それを制止しようとするソフィアをネクライマーたちが取り囲む。

リュウは自分の過去を知るため、パーソナル･ヒストリー･データーバンクへ出向く。だが、先回りしていたステンガー部隊にデータを奪われてしまい、その上、偵察に出掛けたクロードが捕らえられてしまう。

ホセキ医学研究所からカプセルを盗んだミレーヌをリュウが追っていた。追跡の末、ミレーヌを捕らえたリュウだったが、ホセキを宝石と勘違いして、カプセルではなくダイヤをミレーヌから取り上げてしまう。事実を知ったリュウはクロードたちの強力を得て、再びミレーヌを追う。

メカ分署に苦しめられているルードビッヒは、クロードを標的にして、美人キャティを送り込んだ。彼女に一目ボレしたクロードは、彼女の通うディスコに向かうが、キャティの正体はスティンガーキャットだった。戦いの最中、超能力を発揮(実はミャーが配線を切ったためだったのだが)してピンチを切り抜ける。

美女を狙う巨大ザメが出現! さらに海底牧場まで破壊されている。早速、調査に乗り出すリュウたちは、ソフィアをおとりにしてサメを捕獲しようとするが、逆に捕われてしまう。そして、サメに捕まったソフィアを追ったリュウたちは、サメ型の母艦を発見する。