近未来。人類は新型アンドロイド、ネオロイダーの反乱によって窮地に立たされていた。彼らはリーダーのBK-1ことブライキング･ボスの統率の下、自らをアンドロ軍団と名乗って人類一掃をもくろんだのだ。その圧倒的戦力の前になす術もなく、人々は故郷を追われ、捕らえられた者はロボット工場での強制労働に従事させられた。だがそんな人類にも一つの希望があった。素手でアンドロイドを倒す救世主･キャシャーンの噂だった。

キャシャーンに次々とロボット工場を破壊されたブライキング･ボスは、軍幹部サグリアにキャシャーン抹殺を命じた。新型攻撃用ロボットを投入してこれに臨むサグリア。この危機を難なく脱するキャシャーンだったが、その身体に異変が…!?

アルプスの小さな町フィヨルドを次なる攻略拠点に絞るブライキング･ボスだったが、その特異な立地条件のために軍団の輸送に苦戦を強いられていた。既に人類軍によって13もの輸送機が撃ち落されていたのだ。そこでボスはバラシンに、軍用列車による陸路を使っての侵攻を命じるが、町に通じる渓谷に架けられていた陸橋が近年、レジスタンスによって破壊されたのだ。そこでボスは捕虜にした人間たちにこの橋を補修させるよう命じる。

ルナによって届けられたデータから、MF兵器を量産した人類軍は、戦況を逆転させるべく大反撃計画を推し進めていた。3年間の戦いに傷つき、ネオロイダーとしての寿命がつきかけていたキャシャーンも作戦に協力し、人類軍の反撃は半ば成功したかに見えた。しかし、それを嘲笑うブライキング･ボス。そんな時、人類軍の合流地点にスワニーが姿を見せた。精神体としてスワニーの中で生き続ける鉄也の母が、アンドロ軍団が反撃する瞬間こそ、ボスを倒す最後のチャンスであると息子に伝えに来たのだ。