三世紀のヒの国。浜に流れ着いた薬師グズリは、病床のヒナクを救いやがて二人は恋に落ちる。しかし二人の婚礼の夜、ヤマタイ国軍が村を急襲した。軍の手引きをしたのはグズリであった。

ヤマタイ国将軍の猿田彦は、ヒの国の少年ナギを連れて凱旋。しかし、ナギは女王ヒミコを襲う。責任を問われ罰せられた猿田彦をナギが救い、二人はヒの国へ向かう。

ヒの国は新たな異国の騎馬軍団に襲われ、猿田彦とナギは捕えられてしまう。一方、グズリとヒナクは地殻変動によって地底に閉じ込められていた。

ヤマタイ国をも襲撃する騎馬軍団との戦いで、猿田彦が絶命する。火の鳥の遺骸をヒの国へ持ち帰ろうとするナギも、炎上する宮殿の崩壊に巻き込まれてしまう。

研究施設の爆発事故に巻き込まれたレオナ。人工頭脳を埋め込み一命を取りとめたものの、人間を人間として認識できない彼は、旧型ロボットのチヒロに恋をする。