貧しい子供たちの往診をしていた刀舟のもとに、スリの仙吉が現れる。刀舟に無理やり財布を預けた仙吉は、謎の侍たちに惨殺される。怒りに燃え、侍たちをぶった斬る刀舟。瑞光院に戻り財布を調べると…。

老中･水野忠邦が何者かに襲われ、重傷を負った。水野家お抱えの医師たちが無力をさらすなか、立花主計は噂を聞き、刀舟を訪ねる。民を虐げる侍を看る事を潔しとしない刀舟はその願いを跳ね除けるが…。

刀舟の前に現れた浪人･湯浅新兵衛は、刀舟に書状を渡し、いきなり切腹を図る。刀舟の必死の治療により一命をとりとめた新兵衛だったが、その行動の裏には関八州の幕府役人たちに苦しめられる人々の窮状があった。

刀舟の元に女郎の鹿子が運び込まれる。瀕死の鹿子を看た刀舟は、阿片による中毒だと判断するのだった。その頃、火付盗賊改でも阿片密輸の内偵をすすめていたが、それを調べる密偵の身に危険が忍び寄っていた。

チンピラヤクザの丈吉は、ある日別のヤクザの集団に襲われている侍を見かけ、どさくさに紛れ侍の持っていた木箱を持ち逃げする。なんとその中に入っていたのは銃で、しかも葵のご紋が刻まれていた。