神椿市建設中。《オンエア版》

全世界規模で発生した異常事態「ブラックアウト」により両親を失った森先化歩は、同じ団地に住む観統エリカによって育てられた。ブラックアウトから7年後、市内で発生している不可解な事件「Q」に巻き込まれた化歩は、そこで少年「らぷらす」に出会う。

魔女の娘となった化歩は仲間と共に戦いの日々を過ごしていた。そんなある日、同じ「魔女の娘」である夜河世界が、未来視の能力によって神椿市に危機が迫っていることを察知する。その直後、実際に参番街にテセラクターの大群が発生する。

神椿市を護る結界装置、VALISがテセラクターによって突破される。このままでは神椿市民が全滅してしまうことを危惧した復興課長は、VALISの復旧を急ぐ。此処は新しい結界装置を受け取るために離脱。夜河世界は、かつて自分が保護されていた「ヰ世界救済教団」にテセラクターが迫っていることを未来視で察知し、単独で救出に向かう。

VALISの動力源が「魔女の素養者」と呼ばれる生きた人間であることを知った魔女の娘たち。復興課のやり方に納得できない彼女たちは、自らの存在意義を見つめなおすことになる。一方、化歩たちの様子を見て、そのもやもやを知るために意外な行動をとる復興課長だったのだが……。

復興課長が失われたことで監視機能が弱まった魔女の娘たち。それでも市民を護ろうと奔走するが、Qの発生件数は増加の一途をたどる。市内では、行方不明事件に関するうわさが広まり、人々は疑心暗鬼に駆られていた。