宮様こと姫宮千歌音は今日も大人気。その行くところ常に大勢の取り巻きが。ただ見ているだけしかできない姫子だったが、千歌音は姫子を二人きりの誕生会に招待する。二人は同じ誕生日だった。幼馴染みの大神ソウマと共に、千歌音へのバースディプレゼントを選ぶ姫子。だが、誕生日の当日、起こるはずのない月食が空を覆った瞬間、黒い月を見たソウマの脳裏を衝撃が貫く。何かに突き動かされるようにソウマは巨大ロボットを召喚するが、巨大ロボットはためらいもなく姫子のいる学園寮を破壊した！

突如出現したロボット同士の激しい戦闘により傷ついた姫子。目を覚ますと胸に謎の痣が浮かび上がっていることに気付く。混乱する姫子、そして千歌音に対しソウマの兄カズキは、この世を滅ぼさんとするオロチの復活、そして二人に課せられた巫女の宿命を告げる。そんな中、新たにオロチ衆から三の首・ギロチが二人に迫る！

千歌音の家で暮らすことになった姫子は、心無い生徒の嫉妬心からいじめを受けるが、ソウマと千歌音に助けられる。巫女の正装に着替えた姫子と千歌音は、剣神アメノムラクモ復活の儀を試みるが失敗、千歌音は姫子を庇い傷ついてしまう。自分は何も出来ず周りを傷つけるだけだと落ち込む姫子に千歌音は…。

姫子と千歌音はオロチの襲撃に備え、人々が避難するための結界を張る。その帰り、姫宮邸の前で待ち構えていたソウマにデートに誘われる姫子。戸惑う姫子に千歌音は、お出掛けの洋服やアクセサリーをコーディネートして背中を押す。遊園地でのデートを楽しむ姫子とソウマ。夕方、村を見渡せる展望台へ場所を移し、遅くなった誕生日プレゼントを渡すソウマ。そして…。

コクピット空間を融合させ、ソウマの前に出現したツバサ。そして激突する二体の巨神。その衝撃に吹き飛ばされてしまう姫子。駆けつけた千歌音は、気を失っている姫子が見たこともない髪留めをしているのに気付く。圧倒的な力の前に、なす術もなく叩きのめされるソウマは、戦いの中で目の前の敵が誰かを思い出すのだが…。

秘密の花園で姫子との出会いを振り返る千歌音。仲良くお昼のお弁当をつくる姫子と千歌音。余った材料でもう一つお弁当をつくりたいという姫子。昼休み、女の子に囲まれているソウマにお弁当を渡せずにいる姫子。そこへ千歌音がやって来て…。