文化祭を数日後に控えたある日、陣内は誠の足を引っ張るため実験装置に妨害工作を計ろうとするが、過剰な電流によって機械が暴走を始める。もの凄い閃光が校舎を包み、誠、陣内、菜々美そして担任教師・藤沢先生の四人は光の奔流に飲み込まれてしまう。気がつくと、今まで見たこともない異質な風景の中に誠は立っていた。

見知らぬ世界に飛ばされた誠と藤沢先生。二人はそこで昆虫型モンスターのバグロムに追われていたロシュタリア王国の王女ルーン・ヴェーナスを助け、王宮へ招待される。そして、王宮の中庭でルーンが誠から地球の話を聞いている時に、誠の手が「王の印」と呼ばれるモニュメントに触れた途端、美しいメロディが流れ始める。

エルハザードへ迷い込んだ陣内は、バグロム帝国を支配する女王ディーバと対面し意気投合してしまう。そして陣内はバグロム軍の陣頭に立ち、ナースの村の川をせき止め、水を枯らしてから火攻めにしようとする。その上、陣内は法外な値段で水を売りに水不足のナースの村にやってくる。そこで誠と陣内は宿命の再会を果たす。

ルーンから「古の力」を使う三神官であれば、元の世界へ戻る方法を知っているかもしれないと聞かされ、誠たちは三神官のうちの一人、ミーズのもとを目指す。その途中、陣内とバグロムの妨害に遭うが、無事「水の神殿」に到着。そこの大神官ミーズが藤沢先生に一目惚れしてしまい、おかしな異世界カップルが誕生!?

地球帰還の方法を求め、誠と藤沢先生とアレーレは「風の神殿」の大神官アフラ・マーンを訪ねる。誠たちがアフラのもとに到着すると、「風の神殿」は増築工事中だった。誠たちはアフラに大工職人と勘違いされ、東屋増築の大工仕事を手伝う羽目に。藤沢先生の超人パワーで、誠たちはあっという間に東屋を完成させてしまう。

誠たちは三神官最後の一人、シェーラ・シェーラのいる「炎の神殿」へ向かう旅の途中、行き倒れの少女と知り合う。聞けば彼女が炎の神官シェーラ・シェーラだった。彼女は賭けに負け、神殿までもが差し押さえられていた。それを聞いた誠たちは賭けの相手と交渉しに行くが、その相手が陣内と知って二度びっくりする。