ホムンクルスを生み出した者の正体と目的を探ろうと、捜索を始めたカズキと斗貴子。二人は突如、空中から大鷲の翼を持つホムンクルスに急襲される。更に、斗貴子がホムンクルスの幼体に寄生されてしまい…。

パピヨンマスクの男を探すカズキは、死に至る病を患っているという三年生、蝶野と出会う。彼が手にしていたのは解毒剤…。蝶野こそがホムンクルスの創造主! 彼は人間型ホムンクルスとなり、死を克服しようとしていた!!

斗貴子を救うため、解毒剤を求めるカズキ。ホムンクルス本体の完成を待つ蝶野攻爵。対峙した二人のもとへ攻爵の弟である次郎が現れ、ホムンクルス本体の入ったフラスコを破壊してしまう。が、攻爵の執念でついに、人間型ホムンクルスのパピヨンが誕生してしまった！