科学忍者隊によって、ついにギャラクターの影の支配者・総裁Xは倒された。しかし、残されたたった一つのパーツが自我に目覚め、総裁Zとして復活。世界征服を目論むエゴボスラー伯爵率いる巨大犯罪シンジケート“エゴボスラーファミリー”と手を組み、新たなギャラクターを結成した。決死の戦いによってようやく掴んだ平和を乱す敵の出現に、科学忍者隊は最新鋭戦闘機ガッチャスパルタンで出撃。総裁Zとエゴボスラー伯爵率いる新生ギャラクターと、科学忍者隊の地球の命運を賭けた壮絶な戦いが再び始まった。