神殺しの矢に射られた女神 (アテナ) に刻々と死が忍び寄る。矢を抜けるのは聖域の頂上に鎮座する教皇ただ一人。女神 (アテナ) を救うため、星矢と青銅聖闘士の仲間は十二の宮を12時間のうちに突破し、聖域の頂上、教皇の間を目指す。しかし十二の宮はそれぞれ最強の黄金聖闘士たちによって護られ、星矢たちの行く手を阻む。聖域の火時計が沙織に残された時を刻む中、星矢たち青銅聖闘士は、はかり知れない強大な敵と闘いを繰り広げ、聖域を覆う不穏な闇に迫っていく。