生まれながらに奇妙な香りを放ち草木を枯らす力をもつ花千骨（かせんこつ）。村人に忌み嫌われる彼女は父とともにひっそりと暮らしてきたが、父が重い病を患ったうえ災難に見舞われ不遇の死を遂げる。その時、途方に暮れる花千骨の前に現れたのが、墨氷（ぼくひょう）と名乗る行きずりの剣士。彼に救われた花千骨は亡き父の遺言に従い蜀（しょく）山へと旅立つ・・・。

異朽君（いきゅうくん）と取引した花千骨（かせんこつ）が結界を破って蜀山に入ると、七殺（しつさつ）派に急襲された清虚道長が倒れていた。そこで清虚道長（せいきょうどうちょう）を看取ることになった彼女は蜀（しょく）山を代表する掌門の座を譲られる。さらに、裏切り者の雲翳（うんえい）に襲われるが、長留（ちょうりゅう）の掌門・白子画（はくしかく）に助けられたのだった。この時、白子画こそ墨氷（ぼくひょう）であることを花千骨は知る由もなかった・・・。

白子画（はくしかく）は花千骨（かせんこつ）が自分に厄運をもたらす“生死の難”であり、難を逃れるには彼女を殺すしかないと知る。だが、無実の彼女の命を奪うことができなかった彼は別の解決方法を考えようと心に決める。一方、花千骨は道中で知り合った東方イク卿（とうほういくけい）に別れを告げ、新弟子を募集する長留（ちょうりゅう）へと向かう。そこには恩人の墨氷（ぼくひょう）がいるはずだった・・・。

花千骨（かせんこつ）ほか10名が新弟子試験に合格、試験免除の特待生・孟玄朗（もうげんろう）も加わって長留（ちょうりゅう）の外弟子たちの厳しい修練が始まった。だが、もともと剣士としての素養が足りない花千骨は落ちこぼれていくばかり。しかも、長留に墨氷（ぼくひょう）の姿は見当たらず、当初の目的も果たせない。さらには、思わぬ誤解から間者の疑いをかけられてしまい・・・。