空賊の襲撃を知らせるサイレンを受け、愛機“隼”で空へと飛び立つコトブキ飛行隊。一方、ナサリン飛行隊は手強い敵に次々と撃墜されていき…。「コトブキ飛行隊、一機入魂！」の掛け声とともに、彼女たちの戦いが今始まる！

休暇中のコトブキ飛行隊のもとに、マダムから緊急召集がかかった！ 怪我からの復帰早々、街頭で喧嘩騒ぎを起こしていたコトブキ飛行隊の一員・チカと合流したキリエたちは、ともに羽衣丸へ。そこで言い渡されたのはなんと評議会議員・ユーリアの護衛任務。空賊の襲撃から彼女を守るため同行するコトブキ飛行隊だったが、現れた空賊はいつもと様子が違っていて…。羽衣丸は無事、ユーリアを目的地まで送り届けられるのか?!

羽衣丸が係留地のラハマへ戻ると、街が何者かによって襲撃されていた！ 被害は大きくなかったものの、街の自警団の詰め所は半壊。町長曰く“エリート興業”と名乗る一団の仕業らしい。彼らはラハマが保管する戦闘機・雷電と、価値不明の絵との交換を申し出てきたが、町民はそれに反対。すると突然街を攻撃し、3日後に再来すると告げて去ったという。町民たちの選択は雷電の引き渡しか、はたまた戦闘か？――「町長、ご決断を！」

エリート興業に奪われたラハマの雷電を取り戻すべく、敵のアジトに向かったコトブキ飛行隊。しかし途中立ち寄った空の駅で得た情報によると、そこは天然の要塞で、攻め入るのには危険が伴う場所だという…。作戦を練る中、一行はエリート興業の慰労会に向かう踊り子の集団と遭遇。身勝手な空賊相手の仕事を嫌がる踊り子の様子を見たザラは、とある作戦を思いつく。「昔、ちょっとね…」とつぶやくザラがとった大胆な行動とは?!

多くの飛行船が訪れる大都市・アレシマで、再びユーリアからの依頼が舞い込んだ！ それは巨大企業・ブユウ商会のトップ・イサオとユーリアとの会談を護衛すること。あまり乗り気でないキリエたちだったが、なぜかレオナが強引に引き受けてしまう。イサオに会ってから、いつもと様子が違うレオナを不思議に思うキリエたち。そこにリリコが「恋じゃないの？」と言い出して…。空賊の襲来に仲間の恋バナと、今日も慌ただしい一日が始まった！

キリエはアレシマでの仕事の報酬を受け取りにユーリア邸を訪れた帰り道、これまで何度も煮え湯を飲まされてきた、蛇とハートのパーソナルマークを付けた零戦三二型に遭遇。すぐに追撃体制を取り、零戦の背後に迫るキリエ。しかし相手の零戦の方が上手で、何度も振り切られそうになった挙げ句、エンジンを撃たれてオフコウ山に墜落してしまう。爆弾低気圧のせいで羽衣丸が動けない中、キリエは一人で無事帰還することが出来るのか!?