オプティマスプライム率いる正義の軍団オートボットは、エネルゴンを求めて地球に潜入していた。だが、悪の軍団ディセプティコンが襲来し、仲間のクリフジャンパーが捕まってしまう。また、アーシーもディセプティコンに狙われ、人間の子ども、ジャックとラフを戦いに巻き込んでしまう。 [ロボット/メカ]

メガトロンは死者を甦らせる力があると言い伝えられているダークエネルゴンを持ちかえっていた。その力をクリフジャンパーの遺体で試し、威力の強さを確認する。クリフジャンパーの生命反応の復活を感知し、オプティマスプライムたちは救出に向かう。そこで目にしたのは、膨大な埋蔵量のエネルゴンの採掘場だった。しかしそこにいたクリフジャンパーは、もう彼らの知るクリフジャンパーではなかった。ジャックたちがディセプティコンに狙われることを心配したオプティマスプライムは、アーシー、バルクヘッド、バンブルビーに、それぞれジャック、ミコ、ラフの護衛を命じる。ジャックは母親に、アーシーは中古で買ったバイクだといってごまかす。ラチェットはアーシーの身体に付着していた液体の正体を突き止めようとしていた。そのころ、メガトロンはダークエネルゴンで自らのパワーアップを図っていた。

ジャック、ミコ、ラフの3人は護衛係のアーシー、バルクヘッド、バンブルビーと共にオートボットの基地に戻る。クリフジャンパーの体に付着していた物質がダークエネルゴンと確信したオプティマスプライムは、ラチェットを連れて偵察に出かける。アーシーとバンブルビーもパトロールに行ってしまい、基地にはバルクヘッドと子供たちが残される。そこへファウラー捜査官からSOSが届く。ファウラーは基地から戻る途中でディセプティコンにさらわれていたのだ。バルクヘッドが子供たちを残して捜索に出るが、ミコがこっそりついていったため、ディセプティコンに攻撃される。一方、ファウラー捜査官をとらえたスタースクリームは、拷問してオートボットの基地の場所を吐かせようとする。オプティマスプライムとラチェットは、先の大戦で死んだトランスフォーマーたちが眠る古戦場を発見…

メガトロンはダークエネルゴンを使って蘇らせた兵士の亡霊たちを操り、オプティマスプライムとラチェットを亡きものにしようとする。ディセプティコンの基地では、バルクヘッドがミコ、ジャック、ラフの3人を守ろうと奮闘。だが追い詰められ、ミコを連れて戦艦ネメシスに逃げ込む。岩陰に隠れていたジャックとラフもディセプティコンに見つかり、戦艦ネメシスへと連行されるが、アーシーとバンブルビーに助けられる。戦艦ネメシス内の監禁室では、スタースクリームがファウラー捜査官を拷問し、オートボットの基地の場所を吐かせようとしていた。バルクヘッド、アーシー、バンブルビーは、子供たちを置いて監禁室へと急ぐ。なんとかファウラー捜査官を救出した3人は、子供たちと共に基地に戻る。オプティマスプライムとラチェットは、やっとのことで亡霊たちとのバトルに勝利。しかしメガトロンは、｢これは序章にすぎない｣と言い残して消える…

メガトロンはスペースブリッジからダークエネルゴンをサイバトロン星に送り込み、死者の軍団を地球に呼び寄せようとたくらんでいた。オートボットたちはスペースブリッジに先回りしてディセプティコンを迎え撃つ。

メガトロンに代わって、スタースクリームがディセプティコンの新たなリーダーとなるが、手下たちからイマイチ信頼されない。そこで、地球に眠っている戦士スカイクエイクを目覚めさせ、手下にしようと企てる。