5人の精鋭部隊･轟轟戦隊ボウケンジャーの今回のミッションは、海底神殿に隠された「ゴードムの心臓」と呼ばれる未知のエネルギーシステムの確保。ボウケンレッドは、ブラックとイエローに探索を命じる。海底神殿の中、仕掛けられた恐ろしいトラップを乗り越えて、二人はプレシャスを手にすることができるのか?

プレシャスを奪還したボウケンジャーだが、ゴードム文明の末裔･大神官ガジャを謎の恐竜にさらわれてしまった。真墨と蒼太は、「ジャリュウ一族」の仕業だと睨み出撃する。一方、さくらは新人隊員の菜月を不安視するが暁は「面白いだろ」ととりあってくれない。5人の前に現れるのは? そして菜月の正体は?

諸葛亮孔明が残したという三本の武器、「三國覇剣」というプレシャスの情報を掴んだ蒼太は、さくらと真墨と共に確認に向かう。しかし、既にダークシャドウが一本を手に入れており、ダークシャドウ･風のシズカに、まんまと二本目を奪われてしまう。残る一本は、三国史マニアのIT社長･山谷が持っているが…。

大雨、快晴、突風、雷と天候が急変する現象が発生する。プレシャス=マッドネス･ウェザーが何者かによって操作されたのだ。出撃したボウケンジャーの前に現れたのはジャリュウ一族! そしてその長･リュウオーン! 世界中を熱帯に変え、生態系を破壊しようとするジャリュウ一族のたくらみを防ぐ事ができるのか?

幻の超巨大戦車「ビオパンツァー」の設計図が隠された宝石=帝国の真珠が日本に持ち込まれた。そして、その背後にはネガティブ「ダークシャドウ」が…。ボウケンジャーは、帝国の真珠がダークシャドウの手に渡らぬよう、取引場所に向かう。激突するボウケンジャーと、風のシズカ&タクミガミ!