鋼殻のレギオス

学園都市ツェルニに入学した若者レイフォンは、他生徒のケンカを一瞬でおさめ、女生徒メイシェンを救う。そのツェルニを守る小隊の中で、一番弱小の第十七小隊は、メンバー不足のため解散の危機に陥っていた。隊を率いる少女ニーナは、必死に新入生をスカウトしようとする。一方、下校途中のレイフォンは、町外れにたたずむ銀髪の美少女フェリと出会う。

レイフォンに一目惚れしたメイシェンは、級友のミィフィとナルキの助けを借り、なんとか彼にアプローチしようとする。一方レイフォンは、第十七小隊のスカウトを断りに行き、ニーナとフェリ双方から厳しいプレッシャーをかけられる。前途多難の学園生活に落ち込むレイフォンの前に、生徒会長カリアンが現れた。

レイフォンに想いを伝えるため、手作りお弁当作戦に出るメイシェン。一方、生活費を稼ぐため、夜間アルバイトを始めたレイフォンは、都市の機関部で、幼い子供の姿をした都市の魂・・・電子精霊を目の当たりにする。そこに狼の仮面をした謎の男たちが襲い掛かってきた!不可思議な力を使い、電子精霊を狙う彼らの正体とは・・・。

すぐ怒るニーナ。冷たいフェリ。新しい学園生活で、ギクシャクした人間関係に悩むレイフォン。一方メイシェンは、レイフォンのそばにいる2人の先輩女子が気になる様子。そんなある日、シャーニッドが執拗にレイフォンを、ある場所へと誘う。ツェルニ中の男子が集まる人気スポットに向かった彼らを出迎えたのは、意外な人物だった。

未だに連携の取れない17小隊に苛立つニーナ。一方レイフォンも、過去の出来事を引きずったまま、悩む日々を送っていた。そんな中、ツェルニの脚が汚染獣の巣穴へと踏み込んでしまう。無数に襲い掛かる、汚染獣の幼生態。そして、幼生態の背後には凶悪な母体が!!初めての汚染獣襲撃にパニックになったツェルニをレイフォンが駆ける!!

レイフォン宛の手紙がツェルニに届く。その手紙は誤送され、メイシェン、フェリ、ニーナの手元へと巡ってしまう。そこで彼女達は、レイフォンの出身都市グレンダンとリーリンという存在を知る。そんな中、カリアンに呼出されたレイフォンは、おもむろに渡された写真に驚愕する。そこに写る物とは?