2017年。とある屋敷の地下室で、白骨化した遺体13体が発見された。子どものものと見られ、刑事の冴木仁 (成田凌) たちは、遺体の身元確認と、屋敷の持ち主である灰川十三 (小日向文世) の行方を追っていた。そんな中、灰川を“父”と呼ぶ蓮水花音 (吉川愛) が現れる。灰川とは、血のつながりも戸籍上のつながりもない花音だが、6年前まで“本当の家族”のように一緒に暮らしていたという。さらに、屋敷で暮らしていた子供は、全部で19人いたといい……。13体の遺体は19人の子どもたちの誰かである可能性が高い、と警部補の五味 (黒木メイサ) らが考えていると、花音は「父は犯人ではありませんよ」と訴えて――!?

子供13人を殺害した疑いで逮捕され、自供していた灰川十三 (小日向文世) が、留置場で首を吊っていた。刑事の冴木仁 (成田凌) は、灰川の行動はすべて“真犯人”をかばうための可能性が高いのではないかと考えていた。そんな中、蓮水花音 (吉川愛) が突き落とされた時間に“顔に傷がある男”がいたことがわかり……!? 一方、灰川邸では、花音をはじめ、生き残った子どもたち――蒼佑 (萩原利久)、マヤ (仲万美)、悟 (松本怜生)、優磨 (カカロニ栗谷) ――で集まっていた。他の子どもたちが去っていく中、一人その場に残る蒼佑で――。2024年。記者の森燈子 (山下美月) は、行方不明の家出少女･美来の手首にも“リッカ”のマークがあったことについて、灰川邸事件で生き残った子どもたちの誰かが関わっているのではと考えていて……!?

2024年。記者の森燈子 (山下美月) は、刑事課の五味明日香 (黒木メイサ) を訪ねていた。2017年に起きた灰川邸事件について話を聞こうとするが、五味は“あんな終わり方をした”事件のことは話したくない、と言って――。時は遡り、2017年。瀧本蒼佑 (萩原利久) は、刑事の鈴木潤 (佐藤大樹) に捕らえられていた。「お前は誰だ?」と鈴木に問いかける蒼佑。一方、冴木 (成田凌) は、灰川邸に飾ってあったサトゥルヌスの絵を購入したのが鈴木であることや、灰川が書いたと思われる日記に“ジュン”という子供がいたことが記されていたのを踏まえ、鈴木の身柄を確保すべき、と訴える。ところが、上層部からは確実な裏付けが取れるまで鈴木の件は伏せる、と言われてしまい……!?