ある日、見知らぬ学校の敷地で目覚めた少年・音無は、そこで、ゆりと名乗る少女に声を掛けられる。彼女は「ここは死後の世界」、「自分たちは神に抗い、その神の使い・天使と日夜戦っている」のだと告げながら、構えるライフルの照準を天使に向けていた。その余りに現実離れした光景と言動が理解できなかった音無は、ゆりの元を離れ、天使と呼ばれる可憐な少女に声を掛ける。だが、その少女からも「ここは死後の世界」だと訳の分からない説明を受けた音無は、声を荒らげてその証拠を求める。そして、その少女の手から伸びた光の刃に、胸をひと突きにされてしまう…。

死んだ世界戦線のメンバーが天使との戦闘時に使用する武器や弾薬を作る組織・ギルド。弾薬が尽きそうだという連絡を受けたゆりは、学園の地下深くに存在するギルドへの降下作戦を決行する。そして、ギルドへ歩を進めようとする戦線メンバーたちであったが、解除したはずの対天使用即死トラップが彼等に襲い掛かる。トラップ再発動の理由を、天使が現れたからだと気づいたゆりは、天使より先にギルドへ辿り着くために進軍を判断する。だが、到る処に仕掛けられたその強力なトラップに巻き込まれ、一人、また一人と、犠牲者が出てしまう事態へと陥ってしまう…。

死んだ世界戦線の敵である天使。その天使の住処はコンピューターで制御され、アホばかりの死んだ世界戦線には手も足も出ない。そこに神へ通じる秘密があると考えるゆりは、天才ハッカーであるクライストの力を借り、過去に一度失敗した天使エリア侵入作戦のリベンジを決意する。天使の警戒を予想するゆりから大々的な陽動を頼まれたGirls Dead Monsterの岩沢は、体育館を占拠した前代未聞の告知ライブへ向けリハーサルを続ける。偶然居合わせた音無が見入ってしまう程の熱量を持ったリハーサルを、楽しげな表情で行なう岩沢。だが、そんな彼女にも、自分の人生を呪う、陰惨な過去の記憶があった…。

消えてしまった岩沢の代わりに、ガルデモのメインボーカル候補となったユイ。だが、その判断をガルデモに託したゆりは、球技大会での、ガルデモによる陽動を含む大々的な作戦実行を諦め、ゲリラ参加を決意する。球技大会の種目は「野球」。戦線メンバーの中からいくつかチームを組み参加をすることになり、日向は、まずは音無を誘いチームを作り始める。生きていた頃に野球に対して深い思い出を持つ日向は、音無とともにメンバー確保に奔走する。だが、予定していたメンバーから断られまくってしまった日向は、ユイ、椎名、野田、そしてユイのファンたちという即席チームで大会へ挑むことになってしまい…。

テスト期間が近づいてくる中、ゆりは、天使のテストの邪魔を徹底的に行い、天使の校内順位を最下位に突き落とす作戦を計画する。天使が神の創造物でなく人の心を持っている可能性があると考えるゆりは、この計画で生徒会長としての名誉を失墜させ、天使に精神的打撃を与えられるのではないかと考えたのだ。竹山が天使の答案用紙をすり替えるために、それ以外のメンバーが答案用紙回収の際に、クラス全員の注意を引きつけることとなったが、日向の嘘も、高松の肉体も、大山の告白も、全く何の役にも立たない。ゆりが準備していた別の作戦で注意を引きつけることができて、今回の作戦は成功するかに思えたが…。

かなでの後任として生徒会長代理となった直井の策略により、反省室へ一晩監禁されてしまった戦線メンバー。翌日無事に開放されたものの、これからの活動をどうしていくか悩むゆりは、まずは直井の出方を探るべく、好き勝手に授業を受ける様に戦線メンバーへ指示を出す。授業中におかしを食べたり麻雀をしたりと、思い思いの行動を取る戦線メンバーであったが、直井からは、生徒会長代理としての当たり障りの無い行動しか引き出せない。何の情報も変化も得られず、淡々と過ぎて行く日々に苛立ち始める音無。だが、直井には、生徒会長代理とは裏腹の、別の顔があったのだった…。