日本の商社、旭日重工に勤めるしがないサラリーマン、岡島緑郎。取引先にディスクを届ける旅の途中、南シナ海で改造魚雷艇に乗った海賊まがいの三人組――ダッチ、レヴィ、ベニーに捕らわれ、訳のわからぬうちに誘拐されてしまう。彼らの狙いは、緑郎の持っていたディスク。クライアントからの依頼ついでに、彼を人質にして身代金をふんだくるつもりらしい。見知らぬ地に上陸した緑郎は、三人とともに入った酒場で、とんでもない襲撃に巻き込まれてしまう。

酒場を襲撃したのは、エクストラオーダー社という「戦争屋」から派遣された傭兵たちだった。岡島緑郎＝ロックは、事実隠蔽のために会社から見放されたのだ。なんとか海へ逃げたラグーン号を、傭兵たちの乗る戦闘ヘリが追撃する。圧倒的な戦力差にラグーン号は追い詰められるが、相手は正面からの勝負を望むかのように、距離を獲ったまま攻撃してこない。それなら挑発に乗って、ヤツラを月まで吹っ飛ばしてやろう。ロックは、とても正気とは思えない作戦を口にする。

ラグーン号のクルーとなったロック。そして交渉役として一応の仕事をこなしていたある日、ロアナプラの街に構えたオフィスでひと時の休息を楽しんでいたラグーン商会に、横領品受け取りの依頼が舞い込む。だが、依頼はロシアンマフィアの元で仕事を受けるようになった彼らを逆恨みした者が仕掛けた罠だった…。

終戦間近のインド洋で連合軍によって撃沈された一隻のUボート。その艦内には『ブリュンヒルデに導かれし十二名の騎士』という絵画が残されていた。ラグーン商会の今回の仕事はその絵画を引き上げること。ダイビングの経験があると口を滑らせたため、回収作業をするハメになったロックはレヴィとサルベージを開始して…。

Uボートの艦内に侵入したロックとレヴィ。一方、ラグーン号は突然攻撃してきた船舶の様子をうかがっていた。彼らの目的はラグーン号同様、沈没したUボートの探索らしく、潜水ポッドを降ろし作業に入る。このままでは艦内のロックたちと鉢合わせてしまう。なす術のないダッチたちはチャンスをうかがうことに…。