「ちーさい世紀末見ーつけた」世紀末を求めてさすらうケンシロウがたどり着いたのは、なんと『世紀末学園』!? 転校生と間違われたケンシロウは、リンに連れられて2年もみ組へ。そこへいきなり、ジードやトランプたちが襲ってきた!!「悪党とそのおともだち」黒生徒会長を目指し学園を牛耳ろうとしているシンと戦うことになったケンシロウ。トランプを倒しながら、シンのいる2年黒組を目指す。黒組に着いたケンシロウたちを待ち受けていたのは、巨大なブタだった!?
「だんごはなくとも3兄弟」平和が戻った世紀末学園に次に現れたのは、トキとラオウ。2人は、世紀末学園に入学したくてやってきたと言う。リュウケンは、3兄弟のうち一人を入学させることに。そして1人を選ぶためのミッションが与えられた!「時計台のエレベーター」リュウケンは、3兄弟に新たなミッションを与える。それは、世紀末学園の時計台の針を5分進めるというもの。「できそう!」と3兄弟が時計台へ行くと。それは、空高くそびえ立ち、純金の旗がついた時計台で…。
「そうだ 保健室に行こう」次なる3兄弟へのミッションは、保健室へ行き、バンソーコーをもらってくるというもの。ユリア先生に会えると大興奮の3兄弟。移転した保健室を探し、学園内を走り回る。そこで3兄弟は、巨大な女生徒、デビルリバ子と会う。「マジでチャリでデス道路」ユリア先生からハガキが届いた。今ユリア先生は、北海道の北斗市にいるという。「ぜひ遊びに来て」と書かれたハガキを見た3兄弟。トキが用意した自転車に乗り、一路北海道を目指す! その頃、リュウケンもまた、北斗市にいたのだが…。
「学校のカイダンのカイダン」3兄弟に、新たなミッションが与えられた! それは、トイレにいるお化けを退治するというもの。だが3兄弟は、お化けが大の苦手。保健室入室タダ券につられて引き受けたものの、すっかり逃げ腰になっていて…。「ヤムヤムヤミー トキさんとうまい話」教室でいきなり事務所を構え、商売を始めたトキ。怒るバットに、トキは自分がどうして闇商売を始めたかについて語り出す。トキの先生は、コウリュウ。トキが初めて経済に興味を持ったのは、中学生の頃のことだった。
「なにはなくともピラミッド」北海道北斗市に、修学旅行にやってきたケンシロウたち。ピラミッドがそびえ立つこの町を案内するのは、サウザーそっくりのガイドさん、ザウサー。リュウケンは、何かと金を使わせようとするザウサーから借金を重ねる。「こうかフコーカコーカな校歌」リュウケンからのミッションで、世紀末学園の校歌をつくることになった3兄弟。本気になったラオウは、机に向かって歌詞を作り始める。だが、校歌に使ってはいけないNGワードがある。悩んだラオウは…。
「神回」避難訓練のプリントを届けに、フドウの家にやってきたラオウ。だがいきなりフドウにつぶされ、フドウの腹から体が抜けなくなってしまった! 仕方なくラオウは、フドウとおかしな共同生活を始めることになる。「ひでぶなクイズでおシアワセ」リハクの司会で、クイズショーが始まった。学園アニメらしく、いろいろな科目から質問が出されるものの、クイズの内容はおかしなものばかり。しかも、最後には意外な結末が待っていた!?
