ブロンクスのアパートで多数の住民を巻き込んだ爆破事件が発生。連邦捜査局 (FBI) ニューヨーク支局の特別捜査官マギー･ベルとオマル･アドム“OA”ジダンが現場に駆け付ける。崩壊したアパートの管理人の証言から、爆破のターゲットとなったのは麻薬の売人で黒人ギャングのリーダーの男と見られ、内部抗争の可能性を視野に捜査が進められていた。だが第一容疑者として追っていた男が殺害され、新たな容疑者が浮かび上がる。

金融街の広場はランチを楽しむ人々で溢れていた。しかし突如発作を起こし、その場に倒れ込む人々が続出、8名が死亡した。捜査にあたったマギーとOAは、被害者が直前に食べたとみられるサラダを売るデリで捜査を始める。店の防犯カメラを調べると、サラダバーの前で不審な動きをみせる少女が映っていることに気付く。撒かれていたのが毒だと判明し、無差別殺人の被害拡大を防ぐため、マギーとOAはおとり捜査を仕掛けることに。

郊外の別荘地で、体中に傷を負った若い女性が助けを求めて保護された。彼女の残した血痕を辿ると、18体もの遺体が整然と埋められた遺棄現場が発見される。遺体はすべて若い女性で繰り返し刺された後、殺害され埋められたとみられた。共通する点は、左胸の上部に皮膚を切り取られた痕があり、性労働を強いられていた痕跡があった。唯一の生存者ヘイリーの証言から、仕事を斡旋する派遣会社に騙された被害者たちがいると判明する。

白昼のオフィス街で連邦検事補のローランドを含む、3人が頭を狙撃される事件が発生する。3発で3人を仕留めていることから、狙撃訓練を受けた軍人のスナイパーの可能性が疑われた。被害者のローランドが事件直前に離婚弁護士と会っていたことが判明し、マギーとOAは妻のスーザンを訪ねる。マギーの畳みかけるような質問に、スーザンは自分が容疑者扱いされていると不快感をあらわにする。そんな中、新たな狙撃事件が起こる。

ニューヨークの電力を担う原子力発電所敷地内で、監察総監室の女性監査官キャメロンの射殺体が発見される。その日、発電所内でテロを想定した訓練が行われる中、ウランを冷却する第２燃料プールで漏れが発生、燃料プール付近でキャメロンの遺体が発見されていた。調査の結果、設備に問題は見られず、何者かによる妨害工作が疑われた。だがキャメロンに専門知識はなく、発電所の機密文書をリークした人物が捜査線上に浮かび上がる。

再選に向けて選挙活動中のゲイリー･リンチ連邦上院議員の娘グレイシーが、何者かに誘拐される。グレイシーとともに行方不明の子守エレナから身代金を要求するメールが届き、事件が発覚。防犯カメラの映像から、実行犯がグレイシーの散歩の時間を正確に把握していたことが判明、子供部屋から監視カメラが発見される。一方リンチが議員候補として選挙に出馬する以前、女性から恐喝被害を受けているというゴシップ記事が見つかる。