今日も新聞を持ってきた配達員を黒こげにし、主の双葉にドロップキックで蹴落とされる、門番型自動石像ガーゴイル。彼は任務に忠実なのだが、加減を知らぬ対応に、双葉に蹴倒される毎日だ。そんな中、ガーゴイルは双葉の友人・小野寺美森の家の盲導犬エイバリー少尉の評判を聞き、同じ主人に信頼されるべき存在として興味を持つ。その夜、小野寺家に怪しい人物が侵入するのを、ガーゴイルの探知機能が察知して…。

双葉が行方不明になってしまった。錬金術を駆使して造られたガーゴイルは、町中を探知できる優れた能力を持つが、いなくなった双葉を感知できないでいた。彼女を探知できないことに責任を感じたガーゴイルは、吉永家を出てしまう。そんなガーゴイルを心配する和己。そんな時、双葉自身から連絡があり、実は東宮家の別荘に招待されていたことが判明するのだが…。

ニュースで世間を騒がせている怪盗百色。「どんな門番でも破って見せる！」そう豪語する彼が、ガーゴイルに挑戦すべく吉永家にもやってくる。ところがそんな彼の大ファンであるママは、大喜びで吉永家に招いてしまう。結果的に吉永家への侵入を許してしまい、ガーゴイルは屈辱を味わう。その夜、百色は怪盗の仕事で、とある研究所に忍び込む。そこで梨々という謎の少女と出会い…。

町に夏祭りの季節がやってきた。双葉はウキウキ。でも梨々はお祭りを知らない…。その頃、百色は梨々の父・ハミルトンと会い、自分の娘を実験台にするのをやめさせるよう迫っていた。しかしハミルトンから、梨々は定期的な投薬が必要で、研究所を離れては生命に関わるという重大な事実を知らされる。そんな中、梨々が発作を起こしたという連絡が入って…。

兎轉舎のイヨの実験台にされ、ヒーロー風のヘルメットを被ったまま脱げなくなる双葉。それは植物と会話できる装置だった。最初は嫌がっていた双葉だが、次第に植物との会話を楽しむようになり、聞こえてきた美しい歌声に惹かれて裏山に咲く一輪の華と仲良しになる。そんな中、吉永家ではエジプトからきた謎の錬金術師ヒッシャムが現われ、ガーゴイルに戦いを挑んできて…！

イーハトーブ式交信装置で植物のハナ子と仲が良くなる双葉。そんな双葉にイヨは装置はもう貸さないと言い出した。だが、ハナ子に、植物が好きな和己を紹介すると約束していたため、半ば強引にイヨから装置を借り、双葉はハナ子に会いに行ってしまう。一方、ガーゴイルに敗北したヒッシャムは、オシリス強化のための優れた植物を探し、ハナ子に目をつけるが…。