幼稚園の子どもたちがハチの大群に襲われてパニックに！ その原因をつきとめて問題を解決するためアトムたちはミッションを開始します。アトニャンはハチを退治しようと言うけれど、お茶の水博士からは「ハチのことも考えてあげるんじゃ」とアドバイスが。チームアトムはミニロボモードを使ってハチの女王と話してみることにしますが…。はたしてチームアトムはミッションコンプリートできるかな？

セレナ博士が発明した植物の成長剤でアストロラボがツタだらけになってしまい、ミニロボモードでアトムとアトニャンは小さくなってツタ掃除をすることに。するとミッション発生の警報が！ オリーのお庭のバラが枯れています。どうやらアブラムシが原因みたい。オリ―のお父さんは殺虫剤を使ってアブラムシを退治しようというけれど…。チームアトムは自然に優しい解決方法を探るため、オリ―の庭に向かいます。はたしてチームアトムはミッションコンプリートできるかな？

幽霊騒ぎのせいで修理工事が進まない古いオペラハウス。作業員たちを怖がらせる不気味な音の原因は本当に幽霊なのか、チームアトムは調査を開始します。オペラハウスでは悪魔のような笑い声がしたり、建物の中なのにヘリコプターの音がしたり、突然電話が鳴りだしたり…。アトムたち3人は怖い思いをしながらも、ついに原因を突き止めます。彼らの前に現れたのはなんと…！ はたしてチームアトムはミッションコンプリートできるかな？

ビーチでミッション発生！ でもコンピューターOT2が映し出したのはおばあちゃんが大暴れしている姿。チームアトムがかけつけると、そのザラおばあちゃんは生まれたばかりのウミガメの赤ちゃんを守るため、リゾート施設の工事に抗議中だという。さらにビーチにはカモメやカニという天敵もいっぱい。そんな中、沖では座礁したタンカーから油が漏れ始めた！はたしてチームアトムはミッションコンプリートできるかな？

街のすぐそばにある火山が今にも噴火しそう！ もし噴火したら街は大変なことに…。街のピンチをすくうためチームアトムがかけつけると、既に噴火が始まっています。アトニャンは宇宙ゴミを拾ってきて噴火口に栓をしようとしますが、かえって噴火を激しくしてしまうことに。溶岩はどんどん流れ出し、街のみんなは大パニック!! はたしてチームアトムはミッションコンプリートできるかな？

携帯電話の電波が妨害されて世界中がパニック！ どうやらある古い博物館から妨害電波が出ているようです。チームアトムが原因を突き止めるためにその博物館を訪れると、3人はそこで捕らわれの身に。博物館の主、かつて天才科学者とよばれたファンダンゴ博士の罠でした。博士にはどうやら野望があるようですが、その本当の狙いは何か？ はたしてチームアトムはミッションコンプリートできるかな？