GR-GIANT ROBO-

世界各国で謎の組織による巨大ロボットの武力テロが多発し、その圧倒的な戦力で世界は混乱に陥っていた。その頃、南与那国島でダイビングインストラクターのアルバイトをしている草間大作は、不思議な少女ヴィーと出会う。その少女は「契約しても、大作は大作だよ…」という謎の言葉を残し、何処とも知れず去っていき…。

南与那国島の海底遺跡に忽然と現れた巨大ロボットはマッケンジーと彼女の所属機関「UNISOM」が、発見を待ち望んだGR-1だった。図らずもこの巨神を動かすことが出来るのは契約によりその力を手に入れた草間大作。一方、世界のGRの動向を執拗に追い続けるニュースチャンネル「BFN」から大作の存在を秘匿したいと思ったマッケンジーの前に謎の組織「GRO」が轟然と襲いかかる！

忽然とその姿を現す鋼鉄の巨神GR-1。これを嗅ぎ付けた謎の組織「GRO」により巨大ロボットGR-2が「UNISOM」に襲いかかる！ 最新兵器で迎撃するも、GR-2には全く効果が無く操縦者のいないGR-1は猛攻撃に晒された。成す術もない鋼鉄の巨神の危機に、大作とのシンクロが始まる。刹那、GR-1は超常的な力を発現、鋼鉄の巨神はGR-2を一蹴する。マッケンジーは、大作の存在を自身の保護下に置くべく、大作の母親が待つ東京に伴う。嘉手納基地へ搬送される鋼鉄の巨神GR-1に「GRO」は新たなGRによる総攻撃を敢行、海の藻屑となる寸前であった。

「GRO」が送り込んだ、「ダコラー」の襲来により成す術のない「UNISOM」はGR-1を連れ去られる。同じ頃、東京の大作は、GR-1の気配を失う。呆然と街を彷徨う大作の前に、ヴィーが再び現れ、謎の言葉を。「大作が呼べばGR-1は何処にいたって大作のところに来る。」大作の呼びかけにGR-1は応ずるものの「GRO」の魔の手は大作の身に及ぼうとする！

GR-1と大作を管理下に置きたい「UNISOM」の計略は、大作の射殺場面を「BFN」によりTV中継させる。UNISOMのエージェント「テキサス」は、潜入していた「GRO」研究施設の内部映像を持ち込む。そこには、「GRO」のオペレーターの人体実験の様とあの不思議な少女ヴィーの姿が。一方、「GRO」は、大作を失ったGR-1を手中に収めようと新戦力を投入。今、東京お台場を舞台に、GR-1と空中を飛翔する新GR「GR-3」の巨神同士の激戦がくり広げられる!!

大空を飛翔するGR-3の巧みな空中戦術にGR-1は成す術も無く窮地に追い込まれる。その敗北感から失意の大作にテキサスは「GR-1を奪ったGROがその気になれば地球中の人間を殺してしまうことさえ可能だ」と教える。「GR-1は…人を、…殺さない!!」大作の決意がGR-1の新しい力を覚醒させる…。