幼馴染の白鳥琴乃、明日香と共に出雲学園へ向かう、八岐猛。学園では、同じ施設で育った親友の大斗剛と、剣道部で今日も厳しい稽古の日々である。二人は最近、悲しげな見知らぬ女性の夢に悩まされていた。そんな中やってきた、選抜メンバー発表の日。誰もが「剛だ。」と予想していたが、驚いた事に選ばれたのは、剛より弱いはずであろう猛であった。納得できない剛は、苛立ちのあまり琴乃に不満をぶつけてしまう。それを見つけた猛達がかけよった時、突然眩い光が全員を覆っていく。

気がついた猛がいたのは、荒れ果てた出雲学園の中だった。一緒にいたはずの、芹や明日香達も姿が見えない。一方、剛と琴乃も同じ校舎の中を彷徨っていた。人影も無く、見た事も無い植物が生い茂る校内…。そんな中、襲いかかってくる巨大な昆虫達を撃退しつつ、ようやく再会し安心する一行。だが、突如現れた黒い人影の一団に、剛と琴乃が連れ去られてしまう。残った猛達を救ったのは、謎の騎馬軍団だった。

騎馬軍団の指揮官カグツチは、「悪霊」と呼ぶ敵と戦っている事を猛達に告げた。そして剛達を連れ去った者は「悪霊」の長、ヒミコという人物である事も…。その頃ヒミコの城で目覚めた剛達は、ここがネノクニと呼ばれる異世界である事―、自分が英雄スサノオの転生した姿である事―を知らされる。にわかに信じられない剛は、脱出の時期をうかがう為、一旦悪霊軍と行動を共にする事にした。しかし移動中、人間軍の待ち伏せに会い、咄嗟に人を斬ってしまう…。

悪霊軍と共に戦う剛らしき人を見たという報告に、驚く猛達。事実を確かめる為急ぎ黒森の里へ向かうが、そこでも傷ついた兵士から、猛と同じ服装の男に斬られたと聞かされる。剛と琴乃を探しに先へと進むが、途中全滅した村を見つける。そこは悪霊ではなく、自分達と同じ人間に襲われたのだという。結局、剛達を見つけられなかった一行は、彼らの無事を願いながら神の里へと戻るのであった。その夜、寝静まった神の里では結界石を破壊する麻衣の姿があった。

姿の消えた麻衣を探しに出たサクヤと芹。道中、二人の前を悪霊軍の参謀リンが不適な笑いを浮かべ立ち去っていく。倒れている麻衣を見つけ里へ帰ろうとするが、眼前には、見えるはずがない神の里の姿が現れていた。結界が破られたのだ!! すぐそこにはミナカタ率いる悪霊の大軍が迫っていた…。村人を逃がす為、囮となって時間を稼ぐカグツチに加勢する猛。そんな中、二人は戦況の一瞬をついて悪霊の長ヒミコに襲いかかる。しかし絶好の襲撃と思われた機会を邪魔する者がいた。それはあの剛だった！

帰る地を失ったアマテラス達は、ヒミコ率いる悪霊軍との決戦を決意する。しかし、無関係の猛達を巻きこまないよう、アマテラスはサクヤに『反魂の術』を使わせ、アシハラノクニへ戻す事に決めた。だが、その為には蓬莱山に住む四聖獣の助けを借りなければならない。サクヤの案内の元、一行は蓬莱山へ向かう。数々の試練を乗り越え、四聖獣との契りを為したその時、事態を知ったオオナムジが麻衣の体を操り、明日香を連れ去ってしまう。そして蓬莱山へ悪霊軍を差し向けるのであった。