Dr.ワイリーがロボットを引き連れ空港に現れたが、あいにくロックマンは怪我をしてしまう。ライト博士がロックマンを研究所につれて帰っての手術中に、ロックマンの記憶回路からロックマン誕生の秘密が明らかになる。

Dr.ワイリーが強力なコンピュータをつかって、町中の電気を牛耳った。Dr.ワイリーをニューヨークの皇帝になんか絶対にさせるものか。

大変だ! Dr.ワイリーがロックマンの頭にマインドコントロール装置を埋め込んだ。Dr.ワイリーの思いのままに動くロックマンが暴れ出す。目を覚ますんだロックマン!

Dr.ワイリーが何処でも思いのままに地震が起こせるマシーンを完成させ、ニューヨークの街を襲う。Dr.ワイリーのたくらみを潰そうとするロックマンだが、カットマンとガッツマンによってロックマンに埋め込められたマイクロチップで、ロックマンの行動がDr.ワイリーに筒抜け。どうするロックマン。

恐竜公園でロックマンたちとDr.ワイリーたちが激突! しかし味方の口ボットたちはDr.ワイリーの放ったレトロロボウイルスに感染してしまう。ロックマン大ピンチ!

スペースシャトルがDr.ワイリーたちにハイジャックされてしまう。ロックマンも後を追い、宇宙へ飛び立つ。宇宙飛行士たちを助け出せ!