多くの優秀な忍者を抱える「忍び五大国」の一つ、「火の国」にある「木ノ葉隠れの里」は、忍者たちが住む隠れ里と呼ばれる場所。忍者学校（アカデミー）の落ちこぼれ、うずまきナルトは、今日もイタズラばかり。そして、またしても卒業試験に落第してしまう。そんなある日、里の英雄である初代火影が残した「封印の書」が盗まれるという事件が発生した。その犯人はナルトだったが…。

木ノ葉の里長は代々「火影」と呼ばれ、忍者としての「心技体」をきわめた者がその地位につくとされている。なんとか忍者学校を卒業することのできたナルトは忍者登録書を提出しに行ったとき、三代目火影の孫、木ノ葉丸と出会う。木ノ葉丸のことを「火影の孫」として特別扱いしなかったナルトを木ノ葉丸はすぐに「親分」と呼び始め、勝手に後をついてまわるようになる。木ノ葉丸は、今すぐにでも火影になってみんなに認められたいと考えていたが…。

「下忍（げにん）」として晴れて忍者となったナルトは、「三人一組（スリーマンセル）」の班を組むことに。ナルトと同じ班になったのは、春野サクラとうちはサスケ。ナルトはサクラにゾッコンだったが、肝心のサクラはサスケに夢中だ。しかもサスケはナルトと違い、見た目だけでなく実力もピカイチのエリート。おもしろくないナルトは、サスケにひとあわふかせようと、ある陰謀を企む。

ナルトたちを指導する担当上忍（じょうにん）・はたけカカシがやって来た。どこかのん気なカカシは、最初の日から大遅刻をし、しかもナルトが仕掛けたイタズラに簡単にひっかかってしまうほどのトロくささ。ところがそのカカシが、いきなり厳しい試練をナルトたちに言いわたした。それは、三人のうち一人しか合格できないといわれている「サバイバル演習」だった。

カカシによって与えられた試練に苦戦するナルトたち。3人の前に立ちはだかったカカシは今までとはまったくの別人。本気のナルトを軽くあしらい、里一番のエリートと言われるサスケでさえもまったく歯が立たない。サクラにいたってはもはや途方に暮れるばかりだ。上忍であるカカシの真の実力の前に、天と地ほどの差を感じ、なす術がない3人。このままでは全員アカデミーに逆もどりになってしまう。焦り始めるナルトたちだったが、実はカカシはこの試練の中で、ある重要なことを3人に教えようとしていた…。

本格的に忍者の任務を受け持つことになったナルトたち。しかしその任務はといえば、迷子のネコを探すなど退屈な仕事ばかりだった。次第に不満がたまるナルトは、ついに三代目火影に猛抗議。ヘソを曲げたナルトに少々困惑気味の火影だったが、ナルトのやる気を感じとり、より重要な任務を与えることにする。新たな任務は、「タズナ」という人物を祖国の「波の国」まで護衛すること。初めての任務らしい任務にやる気満々のナルトだったが…。