機械化されたサムライ達のなれの果てである「野伏せり」が、村々から米や女達を奪っていた。そんな野伏せりに対して、カンナ村の長であるギサクは徹底抗戦を唱える。それは、サムライを雇って野伏せりを撃退させるという妙案が彼にあったからだった。かくして、キララたちがサムライを求めて虹雅渓へと旅立ち…。

野伏せりから村を救って欲しい。キララはカンベエに嘆願するが、カンベエは村へ帰れと突き放す。見かねたカツシロウが侍探しに協力するも、知行や恩賞に縁の無い戦に興味を持つ侍など簡単に見つかる訳はなかった。落胆の日々が続く中、虹雅渓の豪商アヤマロのドラ息子ウキョウがキララを見初めて拉致してしまい・・・。

キララを助け出したカンベエがリキチ達の元に帰ってくる。程なく満身創痍のカツシロウとキクチヨも合流し、カンベエは皆の前で村を救う誓いを立てる。村を襲ってくる野伏せりは四十機ばかり。カンベエは村を守るサムライは最低でも七人は必要だという。再開されるサムライ探しの中出会った、一風変わったサムライ・ゴロベエ。大戦後、刀の道を捨て、命を売る大道芸に身をやつしているという彼の腕を、カンベエが試す！

村を救う第二のサムライとしてゴロベエが迎えられるが、カツシロウとキクチヨは相変わらずカンベエに未熟者扱いのまま。ウキョウの指示でキララを執拗に狙う用心棒サイボーグ達も、大戦を生き残ったサムライ・カンベエとゴロベエの前では敵で無く、悉く斬り伏せられてしまう。その強さに魅せられて行くカツシロウ。一方、カンベエ達の噂を聞いた、ウキョウの養父アヤマロ直下の剣客キュウゾウがカンベエを襲い・・・。

キュウゾウは圧倒的な剣技でカンベエを追い詰めるが、思わぬ邪魔に水を差され、再度の果し合いを言い残し立ち去る。続く侍探しは、薪割で生計を立てているサムライ崩れ・ヘイハチとの出会い。第三のサムライは、このヘイハチだ。一方、戻ってきたキュウゾウを嘲笑う剣客ヒョーゴは、カンベエに興味を持つ・・・。

都からの勅使を暗殺され、虹雅渓の差配として責任を糾弾されるアヤマロ。殺害現場に凶器の刀剣があった事から、犯人をサムライであると断定し自身の警邏隊を動員して街をあげてのサムライ狩りを始める。サムライ探しを一旦中断し、虹雅渓最下層部に落ち延びようとするカンベエ一行にも警邏隊の追撃が迫る・・・！