時は永禄7年。武者修行中の武芸者・兵頭真介は、不思議な術で野武士を撃退する「世直し姉弟」＝妖狐・たまと仙道・山戸迅火に出会う。真介は二人とともに野武士集団「鬼兜組」のアジトへ乗り込むが、鬼兜組の頭領が人に仇なす闇（かたわら）だと知った迅火とたまは秘術「精霊転化」によって力を解放すると、瞬く間に頭領を撃退。迅火の力に惹かれた真介は、2人との同行を決意する。

闇と戦う霊力僧兵集団「断怪衆（だんがいしゅう）」。迅火、たま、真介の3人は、成り行きで彼らとともに闇・灼岩と戦うことに。灼岩の暴走の理由に疑問を感じたたまたちは、その正体が断怪衆総本山の実験によって生み出された、霊力強化改造人間だったことを突き止める。戦いの末に灼岩を人間の姿に戻した3人は、断怪衆の悪行に灸をすえるべく、総本山に殴り込みをかけることに。

断怪衆総本山に到着した一行。迅火は精霊転化し、300人の霊力僧兵と激闘を繰り広げていた。だが、人体実験の主導者である野禅を発見するものの、城の闇・泰山の強大な一撃で気を失ってしまう。朦朧とする意識のなかで、迅火はなぜ自分が人を憎み、闇を求めているのかを思い返していた。一方、森の中で身を潜めていたたま、真介、灼岩も断怪衆の僧兵に見つかってしまう。そのとき、仲間を守ろうとした灼岩の姿が……。

闇・ぐらぐら様との戦いのさなか、野禅が放った闇喰い人・雷堂斬蔵が乱入してきた。風を操る魔剣・荒吹を駆使する斬蔵に対して、互角の戦いを展開する迅火だが、やがて霊力ではなく技のみで押し通す斬蔵に敗北を喫してしまう。一方、迅火の命までは奪わなかった斬蔵だが、断怪衆から確実に殺すことを要求される。斬蔵からの果たし状を受け、迅火は再度戦うことを決意する。

断怪衆討伐のため、思いを新たに出発した一行。真介は斬蔵から魔剣・荒吹を託されるが、まだ自分の実力に見合わないものだと思い知らされる。旅の途中、闇・猩々（しょうじょう）の酒の匂いをかぎつけたたまは、そこに居合わせた断怪衆四獣将のひとり、道錬と鉢合わせてしまう。たまは呑み比べでの勝負を提案し、辛くもピンチを乗り切るが…。そして一行がたどり着いたのは、不幸から人々を守り続けた闇が支配する村だった。