20세기, 지구에 거대 괴생명체 고질라가 등장하면서 인류는 생존의 위협을 받는다. 어린 소년 하루오는 고질라의 습격으로 부모를 잃고 살아남은 사람들과 함께 지구를 탈출한다. 하지만 생존 인류가 20년에 걸려서 도착한 행성은 인간이 살아남을 수 있는 환경이 아니었고, 청년 하루오는 다시 지구를 되찾을 계획을 세운다.