미생물연구소가 7명의 무장그룹에게 공격 당하는 사건이 발생! 경찰청의 기자회견 중 테러조직 "붉은 샴 고양이" 에게서 "살인 박테리아를 손에 넣었다! 7일 후에 뿌리겠다!" 라는 범행성명을 인터넷에 흘린다. 테러조직 "붉은 샴 고양이"가 예고한 7일째 범인의 초대에 응해 비행선에 탄 코난과 미란이, 그리고 소년 탐정단. 테러리스트들의 목적은 도대체 무엇인가! 그리고 코난과 괴도 키드의 대결은 어떻게 될 것인지..