일련의 살인 사건이 잇달아 일어나자 코난은 단서를 이용해 사건의 조각들을 맞추고, 범죄의 배후를 찾기 위해 고군분투한다. 이 과정에서 코난은 검은 조직을 맞닥뜨리게 되고, 이들의 불꽃 튀는 대결이 펼쳐진다.