어두운 밤에 일본 경시청 본청에 백발의 여성이 침입하고 세계 각국 스파이들의 정보들을 빼내려다 형사들에 의해 포위된다. 여성은 경찰의 추격을 따돌리고 도망치지만, 타이어에 맞은 탄환에 의해 차가 추락해 폭발한다. 코난은 친구들과 수족관에 놀러 왔다 기억 상실과 이상증세를 보이는 여성을 발견한다. 코난은 뒤이어 여자 주위에 검은 조직이 맴 돈다는 것을 깨닫고 도움을 청하지만 대관람차 안에 있는 폭탄을 발견하고 만다.