지우와 친구들은 그린필드라는 마을에 도착하고, 홀로 살고 있는 소녀 미이를 만나게 된다. 이윽고, 수수께끼의 포켓몬 안농이 나타나고, 그들 앞에 전설의 포켓몬 엔테이가 나타난다. 하지만 곧 엔테이는 지우의 엄마를 결정탑으로 데려가고, 지우와 친구들은 엄마를 찾기 위해 결정탑으로 향한다.