최고의 포켓몬 트레이너만을 위한 초대장을 받은 지우와 친구들은 포켓몬 성으로 향하지만, 전설의 포켓몬 뮤츠가 파놓은 예기치 못한 함정에 빠지게 된다. 인간들을 향한 적대심에 불타는 뮤츠는 복제 포켓몬을 만들어 트레이너들을 공격하기 시작하고, 지우와 친구들은 힘을 합쳐 뮤츠와 맞서 싸운다.