바다의 왕관을 노리는 팬텀 선장은 잠수함을 이용해 마나피의 알을 손에 넣지만 배에 잠입해있던 포켓몬 레인저, 잭이 탈취에 나선다. 한편 길을 잃고 황야를 헤매던 지우 일행은 우연히 마리나 서커스단과 마주치고, 이들과 동행하게 된다.