요괴를 감지하는 특별한 능력을 지닌 할머니 나츠메 레이코의 뒤를 이어 요괴들의 이름을 적어놓은 책 우인장의 주인이 된 나츠메 타카시는 이름을 되찾기 위해 자신을 찾아오는 요괴들을 상대하며 하루를 보낸다. 어느 날 나츠메는 요괴 몬몬보를 통해 외로움으로 가득한 할머니의 어린 시절을 보는 한편, 옆 마을에 나타난 새로운 요괴와 마주한다.