유명한 탐정과 코난, 미란, 장미, 브라운 박사와 어린이탐정단은 초호화 유람선 아프로디테호의 첫 항해에 보라에게 초대를 받아 간다. 그런데 외부에서 침입이 불가능한 유람선 안에서 미란이와 보라를 비롯한 사람들이 공격당하고, 급기야 살인사건이 일어난다. 코난과 유명한은 범인을 찾아내고 미란이를 지키기 위해 승객과 승무원들을 대상으로 추리를 시작한다.