베리알과의 싸움으로 부터 한참의 시간이 지났다. 조용하던 빛의 나라에 다크롭스들이 습격해와, 울트라맨 제로와 울트라세븐은 힘을 합쳐 다크롭스들을 격퇴한다. 잔해를 분석해본 결과 빛의 나라가 있는 우주에서는 존재하지 않는 물질로 구성되어 있으며, 이 물질이 내뿜는 마이너스 에너지가 존재하는 다른 우주에서 온것이라 판명이 난다. 제로는 배후의 적들을 알아내기 위한 임무에 단독 지원해 출동한다. 그렇게 도착한 우주에서는 쓰러뜨린 줄 알았던 베리알이 스스로 은하황제 카이저 베리알이라 칭하며 은하제국의 이름 아래 폭거를 행하고 있었다. 혹성 아누에 도착한 제로는, 사람들을 지키기 위해 쓰러진 청년 란을 발견해 그와 일체화 하고 란의 동생인 나오, 혹성 에메랄다스의 공주 에메러너, 그리고 인공지능 우주선 잔버드와 함께 베리얼과 싸우기로 결심하고, 그 와중에 또다른 전사들 그렌 파이어, 미러 나이트와 만난다.
